The Silenced – Ngôi Trường Ma Quái kể về những sự việc kì dị xảy ra tại ngôi trường nôi trú biệt lập ở Seoul.
Cha Ju Ran với thể trạng yếu ớt từ nhỏ, bị mẹ kế bắt phải chuyển vào sống ở trường nội trú. Tại ngôi trường biệt lập, kì quái này, Ju Ran đã trải qua quãng thời gian vô cùng khó khăn để thích ứng bởi bạn cùng trường ai cũng xa lánh cô mà không chịu nói lý do.
Hong Yeon Deok và cô hiệu trưởng là những người duy nhất chịu tiếp xúc với Ju Ran. Dần dần Ju Ran bắt đầu chơi thân với Yeon Deok, cô luôn mơ về ngày cả hai được cử đi Tokyo, chuyến đi chỉ dành cho những học sinh có điểm số cao nhất.
Tuy nhiên, một ngày nọ lần lượt những học sinh trong trường đột nhiên mất tích một cách bí ẩn sau khi có những biểu hiện rất kỳ lạ. Ju Ran là người duy nhất có thể nhìn thấy những người bị mất tích nhưng không ai chịu tin vào lời nói của cô, người duy nhất có thể làm sáng tỏ vấn đề là cô hiệu trưởng lại chỉ thản nhiên tập trung vào việc lựa chọn những học sinh ưu tú nhất. Còn lại Ju Ran trơ trọi một mình đối diện với những tai nạn bí ẩn và những biến chuyển kỳ quái trong cơ thể mình…